Watanuki, un lycéen capable de voir les esprits et Yûko, une mystérieuse sorcière, sont de retour dans une nouvelle histoire, entre rêve et réalité. Un rêve flou et oppressant, une étrange conversation téléphonique avec un interlocuteur inconnu qui semble le connaître... Watanuki commence à se rendre compte que quelque chose ne tourne pas rond. Ce malaise le pousse à se demander pourquoi il est capable d'expliquer des phénomènes magiques que seule Yûko est censée connaître. Connaîtra-t-il enfin la vérité sur les mystères qui l’entourent et en supportera-t-il les conséquences.

Shaolan et ses amis ont vaincu Fei-Wan afin de récupérer les souvenirs de Sakura. Mais pour lever la dernière malédiction, Shaolan a promis de voyager perpétuellement. Il a donc dû laisser Sakura au pays de Clow afin de parcourir les différents univers avec Kurogané, Fye et Mokona ! Première étape, le Nirai Kanai, un pays gouverné par Himegami. À première vue, on pourrait croire à un paradis tout à fait paisible mais en réalité, les ténèbres sont sur le point de s'étendre sur ce monde !

C’est le mois d’avril, les cerisiers sont en fleur et Sakura entame son année de cinquième. Tout semble se passer pour le mieux : Shaolan est de retour comme promis et fréquente le même collège ! Mais une nuit, elle fait un rêve étrange… À son réveil, toutes ses cartes sont devenues transparentes et inutilisables ! Guidée par une clef apparue en rêve, Sakura est sur le point de débuter une nouvelle aventure !

Le gang Mugen régnait sans partage sur son large territoire jusqu'à sa soudaine et inexpliquée dissolution après un combat contre les deux frères Amamiya. Depuis, cinq bandes aux styles très différents se partagent les rues sans trop faire de vague. La situation va se dégrader avec l'arrivée de Chiharu au lycée Oya. Ne connaissant pas les traditions de sa nouvelle école, il va s'y attirer des ennuis le forçant à chercher de l'aide auprès du groupe rival Sannoh. Dans le même temps, Noboru, ancien ami des membres de la Sannoh, fait son retour après être sorti de prison mais il travaille désormais avec les yakuzas du gang Iemura qui complotent dans l'ombre pour étendre leur bizness..